پس از يادگيري خواندن و نوشتن، در نوجواني به كسوت روحانيت در آمد و به فراگيري علوم اسلامي پرداخت. ادبيات عرب، فقه، اصول، حديث، درايه، رجال و تراجم و... را نزد استادان برجسته حوزه علميه نجف فرا گرفت و سپس در درس خارج فقه و اصول آية الله آقا ضياء عراقي (متوفاي 1373 ق.)، آية الله شيخ احمد كاشف الغطاء (متوفاي 1373 ق.) و شماري از مراجع تقليد و مدرّسان برجسته حوزه علميه نجف شركت كرد.
آية الله مرعشي چنان علاقه به يادگيري داشت كه سر از پا نمي‎شناخت. سالهاي دراز در درس دهها استاد شهير حوزه علميه نجف شركت كرد و از خرمن دانش آنها بهره جست. مدتي نيز نزد علماي زيديه و علماي اهل سنت به فراگيري علم حديث پرداخت و از آنان اجازه نقل حديث گرفت.
تلاش شبانه روزي وي سرانجام در 27 سالگي به ثمر نشست و به درجه اجتهاد نايل شد. كوشش خستگي ناپذير او براي تحصيل دانش ستودني است. خودش در اين باره مي‎گويد:
هيچ گاه در سنين جواني به دنبال تمايلات نفساني نرفتم، هميشه در پي تحصيل علم بودم، به صورتي كه شبانه روز، بيش از چند ساعت نمي‎خوابيدم و هر كجا نشاني از استادي يا عالمي و يا جلسه درسي كه مفيد تشخيص مي‎دادم، مي‎ يافتم؛ لحظه ‎اي در رفتن به نزد آن استاد، عالم و جلسه درس درنگ نمي‎كردم.
آية الله مرعشي در نجف، كربلا، كاظمين، سامرا، تهران و قم نزد بيش از صد استاد زانوي ادب به زمين زد و از دانش و تقواي آنان استفاده كرد. وي از ابتداي تحصيل به پشتكار عالي، همت بلند، تقوا، نبوغ و ديگر فضايل اخلاقي شهره بود.
ايشان از بسياري از مراجع تقليد شيعه اجازه اجتهاد گرفتند. برخي از آنها عبارتند از:
1. آية‌ الله العظمي آقا ضياء عراقي (متوفاي 1361 ق.)
2. آية الله العظمي سيد ابو الحسن اصفهاني (متوفاي 1365 ق.)
3. آية الله العظمي شيخ عبد الكريم حايري يزدي (متوفاي 1355 ق.)
آية الله مرعشي پس از رحلت پدر در سال 1338 ق، براي ادامه تحصيل به كاظمين، سامرا و كربلا رفت و سالها در حوزه‎ هاي علميه آن ديار، از محضر استاداني برجسته استفاده نمود و سرانجام در سال 1342 ق، براي زيارت مرقد مطهر امام رضا ـ عليه السلام ـ به ايران آمد.
پس از زيارت مرقد امام رضا ـ عليه السلام ـ به تهران رفت و در حوزه علميه تهران، نزد آية الله شيخ عبد النبي نوري (متوفاي 1344 ق.) آية الله آقا حسين نجم آبادي (متوفاي 1347 ق.) آية الله ميرزا طاهر تنكابني (متوفاي 1360 ق.) آية الله ميرزا مهدي آشتياني (متوفاي 1372 ق.) و... به فراگيري فقه، اصول، فلسفه و كلام پرداخت.
سال بعد، براي زيارت مرقد حضرت معصومه ـ عليها السلام ـ به قم رفت. به دستور آية الله العظمي شيخ عبد الكريم حائري يزدي در اين شهر ماندگار شد. ايشان مدتي در درس آية الله حائري و شماري از استادان حوزه علميه قم شركت جست و از دانش آنان بهره برد.
 

بر مسند تدريس
آية الله مرعشي به دستور آية الله حائري به تدريس پرداخت. ايشان علوم ادبيات عرب، منطق، اصول و فقه را براي طلاب جوان تدريس مي‎نمود. آية الله مرعشي پس از رحلت آية الله حائري (1355 ق.)، به تدريس خارج فقه و اصول پرداخت. در طول بيش از هفتاد سال تدريس ايشان در حوزه علميه قم، دانشمندان بسياري تربيت شد كه شماري از آنان از ايشان اجازه اجتهاد دريافت كردند. نام برخي از شاگردان وي؛ حضرات آيات:
شهيد حسين غفاري، شهيد حاج آقا مصطفي خميني، شهيد مرتضي مطهري، شهيد دكتر محمد مفتح، شهيد دكتر سيد محمد بهشتي، شهيد محمد صدوقي، سيد محمد علي قاضي طباطبايي، سيد محمود طالقاني، شيخ شهاب الدين اشراقي، شيخ مرتضي حائري، حاج ميرزا جواد آقا تهراني، شيخ حسن نوري همداني، آقا موسي صدر، قدرت الله وجداني فخر، سيد مرتضي عسكري، مصطفي اعتمادي، محمد امامي كاشاني، ميرزا جواد تبريزي، شيخ حسين نوري، سيد عبدالكريم موسوي اردبيلي، شيخ علي پناه اشتهاردي، محمد تقي ستوده، شيخ محمد رضا مهدوي كني.
مرجع نستوه شيعه در طول ساليان دراز كه مرجعيت تقليد شيعيان را بر عهده داشت، خدمات شاياني به جهان اسلام نمود. نماز جماعت با شكوه ايشان در صحن حضرت معصومه ـ عليها السلام ـ را همه زايران به ياد دارند. خوشرويي و اخلاق نيك ايشان را همگان به خاطر سپرده‎ اند. ايشان بسيار شوخ طبع بودند. به مستضعفان عنايت ويژه ‎اي داشت. به مشكلات آنان رسيدگي مي‎كرد.
آية الله العظمي مرعشي نجفي علاقه خاصي به اهل بيت و حضرت معصومه ـ عليها السلام ـ داشت. ايشان پيش از انقلاب، هر روز پيش از اذان صبح به حرم مشرف مي‎شد. هماره مدتي پيش از باز شدن درهاي حرم، پشت در مي‎ماند و سپس داخل حرم مي‎شد و پس از زيارت، نماز جماعت را اقامه مي‎كرد.
آية الله مرعشي نجفي در طول ساليان دراز، خدمتهاي شاياني به جهان اسلام نمود. تأسيس مدارس علميه يكي از فعاليتهاي درخشان وي مي‎باشد. مدرسه مهديه در سال 1376 ق. در قم، توسط مرحوم حاج مهدي ايراني ساخته شد و اداره آن بر عهده آية الله مرعشي گذاشته شد. فقيه نستوه در جهت تكميل مدرسه سعي فراوان نمود و كتابخانه مدرسه را كه در برگيرنده دو هزار جلد كتاب است، بنا نهاد. مدرسه مؤمنيه در سال 1389 ق. در دو طبقه و كتابخانه مدرسه با حدود 3500 جلد كتاب نيز به وسيله ايشان تأسيس شد. مدرسه شهابيه در سال 1400 ق. در سه طبقه و مدرسه مرعشيه نيز از مدارس علميه ‎اي است كه در سه طبقه، در سال 1383 ق. به همت ايشان تأسيس شد و اداره آن بر عهده ايشان واگذار شد.
كتابخانه آية الله العظمي مرعشي نجفي از بزرگترين كتابخانه‎ هاي كشور و در رديف كتابخانه مجلس شوراي اسلامي و كتابخانه آستانه قدس رضوي است. اين كتابخانه بسياري از كتب خطي اسلامي جهان را دارا است. بسياري از اين كتب جزو نفيس ‎ترين و با ارزش ‎ترين متون تاريخي است كه قرنها از عمر آنها مي‎گذرد.
آية الله مرعشي در دوران جواني كه در حوزه علميه نجف مشغول تحصيل بود به گردآوري كتب خطي پرداخت. وي كه شاهد به غارت رفتن منابع اسلامي و نسخ خطي بود، تاب نياورد و با شهريه ناچيز طلبگي به خريد كتب خطي پرداخت تا اين ميراث فرهنگي را از دستبرد بيگانگان حفظ نمايد. گاه شبها در يك كارگاه برنج كوبي كار مي‎كرد، روزها روزه استيجاري مي‎گرفت و نماز استيجاري مي‎خواند، تا هزينه خريد كتب را تهيه نمايد.

آية الله مرعشي نجفي پس از مهاجرت به قم، كتب خطي را همراه خود به ايران آورد. در قم نيز به خريد نسخ خطي و كتب ارزنده اقدام كرد. پس از مدتي به دليل كمبود جا، كتابها را از منزل به كتابخانه مدرسه مرعشيه انتقال داد. پس از چندي طبقه سوم اين مدرسه به عنوان كتابخانه ساخته شد كه در نيمه شعبان 1386 ق. / 28/8/1345، با بيش از ده هزار جلد كتاب چاپي و دو هزار جلد كتاب خطي افتتاح گرديد.
استقبال روز افزون طلاب و علما براي مطالعه، كمبود فضاي مناسب براي كتابخانه و خريد كتابهاي جديد موجب شد تا ايشان كتابخانه بسيار بزرگي (كتابخانه فعلي) را تأسيس نمايد كه در نيمه شعبان 1394 ق. 12/6/1353 با حدود شانزده هزار جلد كتاب چاپي و خطي افتتاح گرديد.
كتابخانه آية الله مرعشي نجفي اكنون با دارا بودن بيش از 250000 جلد كتاب چاپي و 25000 جلد كتاب خطي به مسؤوليت حجة الاسلام دكتر سيد محمود مرعشي نجفي ـ فرزند ايشان ـ در خدمت طلاب، فضلا، دانشجويان، دانش آموزان، محققان و نويسندگان مي‎باشد.
اين كتابخانه به خاطر نسخه‎ هاي خطي نفيس و ارزشمند و گاه منحصر به فرد و كتب قديم مهم و كمياب مورد توجه وافر نويسندگان، دانشمندان، مراكز علمي و تحقيقاتي سراسر جهان است. اكنون اين كتابخانه شهرت جهاني دارد و با چهار صد مؤسسه، مركز علمي و كتابخانه در سراسر جهان ارتباط دارد. كهن‌ترين نسخه خطي «زبور»،  نيز در اين كتابخانه در قم نگهداري مي‌شود.
همچنين اين كتابخانه نخستين كتابخانه‌ كشور به لحاظ حجم عظيم نسخه‌هاي خطي كهن ديني و سومين كتابخانه جهان اسلام است كه 65000 عنوان نسخه خطي به زبانهاي فارسي، عربي، تركي، اردو، لاتين و سانسكريت و برخي خطوط قديم ديگر در موضوعات علوم اسلامي و غيره در آن نگهداري مي‌‌شود كه بعضاً در نوع خود منحصر به فرد است.
كهن‌ترين نسخه خطي اسلامي به خط كوفي بخشي از قرآن كريم است كه مربوط به نيمه نخست سده دوم هجري و بخشي ديگري به خط علي ابن هلال مشهور به ابن بواب مربوط به سال 392 قمري است كه بر روي پوست نگاشته شده است.
كهن‌ترين نسخه غير خطي غير اسلامي نيز مجموعه‌اي از زبور بر روي پوست به خط لاتين از سده دوازدهم ميلادي و بخشهايي از انجيل به خط قديم حبشي مربوط به سده دوازدهم و سيزدهم ميلادي است كه در اين مجموعه عظيم فرهنگي وجود دارد.
 

آثار سبز

نخستين رساله هاي علميه ايشان به نام «نخبة الاحكام» و «سبيل النجاة» بين سالهاي 1366 ق. تا 1373 ق. چاپ شد و از همان سالها مرجعيت تقليد ايشان آغاز شد. آية الله مرعشي پس از رحلت آية الله العظمي بروجردي (1340 ش.) به عنوان يكي از مراجع تقليد طراز اول شيعيان جهان به شمار مي‎آمد.
آية الله مرعشي در طول ساليان دراز عمر با بركت خويش كتابها و مقاله‎ هاي زيادي درباره علوم قرآني، ادبيات عرب، حديث، دعا، فقه، اصول، منطق، لغت، تاريخ، رجال و تراجم، انساب و... نوشت كه متأسفانه بيشتر آنها هنوز چاپ نشده است. شمار آثار ايشان به 148 كتاب، رساله و مقاله مي‎رسد. بازسازي مرقد علامه مجلسي در اصفهان، به امر آية الله العظمي مرعشي نجفي صورت پذيرفت. اهداء كتابهاي فقهاي شيعه براي دانشمندان شيعه، سنّي، مسيحي و دانشگاه هاي جهان نيز از فعاليتهاي فرهنگي ايشان است.
وي براي تأليف زندگينامه‎ هاي علما، سادات و امامزاده‎ ها گاه به قبرستانهاي كهن مي‎رفت و به خواندن نبشته‎ هاي قبرهاي علماء، ادباء، شعراء، سادات و امامزاده‎ ها مي‎پرداخت. ايشان در سالهاي 1350ـ1351 ق. به اصفهان رفت و يك هفته در گورستان تخت فولاد به ثبت تاريخ ولادت و فوت علماي به خاك سپرده شده در آن قبرستان پرداخت. بسياري از گورستانهاي ديگر اصفهان را نيز مورد تحقيق قرار داد و اطلاعات سودمندي بدست آورد.

 

همگام با نهضت امام (ره)
نهضت امام خميني در سال 1341 با پشتيباني مراجع تقليد همراه بود. آية الله مرعشي نجفي هماره از نهضت امام خميني حمايت كرد. بارها اعلاميه داد و به افشاگري پرداخت. ايشان در پي دستگيري امام خميني در سال 1342، با ارسال اعلاميه شديد اللحني به رژيم پهلوي، خواستار آزادي امام خميني شدند.
ايشان همراه مراجع تقليد و علماي طراز اول كشور براي آزادي امام خميني به تهران سفر نمود و در اين راه زحمت فراواني متحمل شد. ايشان در سال 1342، در پاسخ نامه جمعي از طلاب مي‎فرمايد:
چنان چه كراراً اين جانب عقيده خود را اظهار كرده‎ ام، باز هم به موجب اين سؤال عرض مي‎كنم كه حضرت آية الله خميني ـ دامت بركاته ـ يكي از مراجع تقليد عالم تشيع هستند و از اساطين روحانيت اسلام و از مفاخر عالم تشيع.
آية الله العظمي مرعشي نامه‎ ها و تلگراف هاي فراواني در جهت حمايت از امام خميني براي مراجع تقليد شيعه مقيم ايران و عراق مي‎فرستاد. ايشان پس از تبعيد امام خميني به تركيه، در سخنراني ها و اعلاميه‎ ها اين عمل رژيم پهلوي را محكوم مي‎نمود و براي شهداي 15 خرداد، مجلس يادبود برپا مي‎سازد. آية‌ الله مرعشي هماره از انقلاب اسلامي پشتيباني مي‎نمايد و جنايتهاي رژيم پهلوي را افشا مي‎نمايد. ايشان پس از شهادت آية الله حاج آقا مصطفي خميني در سال 1356، براي وي مجلس ترحيمي در حسينيه خويش برپا مي‎كند، كه پايان اين مجلس به سر دادن شعارهاي كوبنده عليه رژيم پهلوي و دستگيري شماري از مردم پيوند مي‎خورد.
آية الله مرعشي در طول سالهاي تبعيد امام خميني، با ايشان در ارتباط بودند و با اوج گيري انقلاب اسلامي در سال 1356 همراه مراجع تقليد شيعه با فرستادن اعلاميه‎ ها به هدايت نهضت مي‎پردازد.  پس از پيروزي انقلاب اسلامي نيز ايشان هماره از نظام جمهوري اسلامي حمايت كرد و در مناسبت هاي مختلف با ارسال پيامها به تقويت نظام پرداختند.
سرانجام مرجع بزرگ تقليد شيعه، در روز چهارشنبه 7/6/1369، در 96 سالگي دار فاني را وداع گفت و به اجداد پاكش پيوست و پيكر پاكش با حضور انبوه مردم عزادار در جوار كتابخانه بزرگش به خاك سپرده شد. درود و رحمت خدا بر او باد.